Natri peiodat được dùng để oxi hoá xenlulozơ và tạo ra các hợp chất dễ bị vi khuẩn phân hủy và thân thiện với môi trường. Các hợp chất này được dùng trong khâu phẫu thuật, như là giàn giáo cho cấu trúc tế bào.

Trong hóa hữu cơ, natri peiodat có thể được dùng trong dung dịch để mở vòng saccarit giữa hai nhóm hydroxyl (điol) lân cận để giải phóng hai nhóm andehit:[5]

Quá trình này thường được dùng trong các saccarit đánh dấu với các phân tử huỳnh quang như biotin. Bởi vì quá trình cần các nhóm điol lân cận, các ion periođat thường được dùng để đánh dấu có chọn lọc RNA (riboza có điol lân cận) thay vì DNA do đeoxiriboza không có điol lân cận.